Existe poca información acerca de su educación musical, sabiéndose que asistió a la escuela anexa a la basílica de San Antonio, Padua, y allí estudió composición con el padre Costanzo Pòrta ((maestro de capilla en la catedral de Padua, desde mayo de 1589), como él mismo declara al dedicar "Cantiones in laudem Deiparae Virginis Mariae a 5 voci" a los presidentes del Arca de S. Antonio. Abrazó la regla franciscana en el convento de San Antonio, convirtiéndose en sacerdote. El 30 de octubre de 1591, después de haber prestado servicios de vez en cuando en los meses anteriores, Ratti fue contratado como tenor en el coro de la Basílica del Santo, con un salario de 12 ducados anuales.

El 9 de junio de 1593 compitió allí sin éxito para el puesto de intérprete de 'organetto dei concerti' utilizado en las grandes solemnidades, 'habiendo desempeñado ya varias veces este oficio cuando ha sido necesario', puesto que obtuvo finalmente el 26 de febrero de 1594 y continuó como cantante. Sin embargo, ya el 14 de marzo dejó Padua para desempeñarse como maestro di cappella en Gemona del Friuli (Udine). Allí permaneció hasta febrero de 1600, iniciando a los estudiantes también en el canto de madrigales (estuvieron entre sus alumnos Girolamo Belli, Giaches de Wert, Giovanni Croce y Ruggero Giovannelli).

En los años de servicio en Friuli Ratti se dedicó a la composición de un libro de lamentaciones, ahora perdido, que en abril de 1597, editado por Amadino, presentó a la comunidad de Gemona recibiendo un pago de 10 ducados. Compuso también, e hizo publicar en Venecia, siempre por Amadino, tres libros de madrigales de género ligero, en los que abundan las rimas del académico Maurizio Moro (1593). No se sabe si el apodo del músico que figura en los frontispicios ( 'Bartolomeo Ratti detto il Moro da Padova'; y ya en las "Cantiones" de 1594 'Mauro nuncupatus') implica una relación de intrínseca familiaridad con este académico de Trevi, canónigo secular de la congregación de San Giorgio in Alga en Venecia, cultor tanto de la musa sacra como de la erótica. El hecho es que en 1594 las "Amorosi fiori, colti in vago et delitioso giardino a 4 voci con uno a 8" en estilo de canzonetas (dedicado el 26 de octubre a Bartolomeo Fino, noble rico de Bérgamo, caballero de San Marcos), están todos entretejidas con versos de Moro. En 1596 la "Ghirlanda de varii fiori amorosi, secondo libro de madrigali a 4 voci", siempre en estilo de canzonetas, con un soneto a 8 y un diálogo epitalamico a 8 para la boda de Giovanni Martino Marchesi con Lucina Savorgnana. En 1599 en "Ardori amorosi, madrigali e canzonette a 3 voci" (dedicado el 24 de abril a Francesco y Anassarte Pigna, nobles de Padua, académicos Ricovrati), a las rimas de Moro, Guazzo y Celiano se añade un madrigal erótico de Gaspara Stampa.

De regreso en Padua, el 13 de diciembre de 1600 fue nombrado vice maestro di cappella de San Antonio con un sueldo de 50 ducados anuales, y el 1 de junio de 1601 maestro, con un salario de 60 ducados, reemplazando a Costanzo Porta recientemente fallecido. A pesar de la inestabilidad que caracterizó en aquellos años a la capilla por problemas económicos y dificultades de gestión, Ratti logró aumentar el conjunto instrumental y, en varias ocasiones, también el vocal, así como su salario, subido a 100 ducados en marzo de 1604. Al año siguiente publicó la última obra conocida, "Li brevi salmi intieri che nelli vespri di tutte le solenità si cantano secondo il rito del sacro concilio di Trento a 5 voci con il basso continuo" 'para comodidad de los organistas', dedicada el 15 de abril a Domenico Perozzo de Cologna, abad de Santa Giustina en Padua.

El 1 de abril de 1606 se disolvió la capilla del Santo y Ratti fue despedido de su cargo con 50 ducados por los seis meses de falta de pre aviso. Habiendo sido aparentemente por un poco tiempo maestro di cappella de San Francesco, Piacenza, ya en abril de 1607 estaba de nuevo en San Antonio, donde el 23 de noviembre de 1608, 'en atención a sus buenos servicios, mérito y valor conocido', fue convocado para dirigir la capilla en lugar del renunciado Giulio Belli, con un salario de 100 ducados anuales. Su nueva conducta se caracterizó por frecuentes solicitudes de licencia, de una breve disolución de la capilla (31 enero a 11 marzo 1611) y de una revisión de las reglas contractuales (3 de diciembre de 1612), que impuso una renuncia a cualquier otro cargo, nuevas obligaciones y reconfirmación anual. Debido al mayor rigor impuesto a la capilla por los presidentes del Arca y por la falta de pago de los salarios, el 11 de diciembre de 1613 Ratti dimitió. Después de esa fecha continuó viviendo en el monasterio adjunto a San Antonio hasta su muerte, disminuyendo mucho, al parecer, la actividad musical y dejando de componer. Un registro de Stefano Rinaldi, cuya fuente se ha perdido, lo menciona nombrado maestro de música en Venecia (¿en los Frari?) el 5 de septiembre de 1616; otros dos registros de Antonio Sartori, que carecen de pruebas, lo dan respectivamente, a la cabeza de la capilla del Santo el 27 de septiembre de 1623 (hecho en sí posible si se considera provisional, por cuanto el maestro di cappella Giovanni Ghizzolo había sido llamado a Roma en la primavera y su sucesor Leandro Gallerano de Brescia asumió el cargo sólo en octubre) y en Montagnana el 28 de de agosto de 1630 (que puede haber sido en la iglesia de San Francesco, no en la catedral, donde el cargo en ese momento era ocupado por Alvise Balbi). En todo caso los empleos en Venecia y en Montagnana, si es que los hubo, deben haber sido de corta duración, debido a que el Acta del Arca testifica en los años siguientes la presencia de Ratti en Padua.

Compuso tanto música sacra como secular en una variedad de estilos populares en su época. De la producción de Ratti se puede decir que las colecciones de madrigales prefieren los textos de tono pastoral agradable y desenvuelto en el estilo musical de la canzoneta, mientras que las "Cantiones" de 1594 parecen moverse entre el contrapunto clásico de estilo palestriniano y la novedad del género concertado y de la escuela veneciana.